Přesný rok založení farního kostela není v historických pramenech uváděn. V seznamu Litoměřického katalogu kněžstva je kostel v Mimoni uváděn již ve 12. století. Po roce 1350 byla vypracována listina duchovních správ podle stáří a podle toho určovány i dotace a církevní desátky. V tomto seznamu je mimoňský kostel uváděn jako jeden z nejstarších v severních Čechách. Vyšší dotaci měly jen Litoměřice, Třebenice, Děčín, Lípa a Bezděz.
Až do roku 1350 jsou nám duchovní správci jmenovitě neznámí. Roku 1354 nařídil pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic, že jmenování farářů musí být vždy protokolováno a tak od té doby má i Mimoň přesné údaje s výjimkou let 1380 - 1383 a 1420 - 1421.
Okolo roku 1450 byly zavěšeny první zvony na kostelní věži. V kostele vedle původního hlavního oltáře přibyly časem dva postranní a 1537 také obnoven kůr. Vlivem učení Husova a v dalším století Lutherova, ztrácela katolická církev výsadní postavení a musela i v Mimoni ustoupit, protože roku 1559 zde převzal kostel protestantský pastor. V roce 1577 byl v Boleslavi ulit pro Mimoň velký zvon.

Vedení matriky u nás začalo 16. července 1616 a bez přerušení se vedlo až do našich dnů. Když po bitvě na Bílé hoře plenili žoldnéři Mimoň, zavraždili na mostě přes Ploučnici zdejšího pastora a jeho dceru odvlekli neznámo kam. Katolická církev opět získávala pomalu zpět ztracené pozice a pastoři byli násilím vypovídáni ze země, ale až do 1627 se mnoho nezměnilo. Šlechta protestantská mohla prodat majetek a vystěhovat se, ale poddaní museli zůstat a stát se násilím katolíky. Nebyly vzácné scény, kdy lidé byli pomocí žoldnéřů hnáni do kostela mečem. Nekatolíci se tajně shromažďovali v lesích a tam konali svoje bohoslužby. Mimoňští se scházeli blízko Pavlína dvora na vrchu zvaném "Čihadla" a až do nedávná se tam říkalo jednomu místu kazatelna. Husitské a luteránské knihy byly při prohlídce domů zabaveny a 28. února 1628 na náměstí spáleny. Bylo jich přes 400. To již byl kostel opět v katolické správě. V době třicetileté války, když vtrhlo do Čech švédské vojsko, vrátil se do Mimoně i evangelický kněz. V okolí města tábořily oddíly generála Orenstierna. To však trvalo jen několik měsíců a ostrá protireformace začala znovu.
V létech 1661 až 1663 byl zbourán starý kostel a postaven nový. Stavbu vedl Giullo Broggio původem Ital z Milána, jehož syn Oktavián Broggio se oženil s Kateřinou, dcerou Karla Liebsteina z Mimoně. Finanční náklady nesl šlechtický rod Putzů z Adlersthurnu, tehdejší majitel Mimoně. V roce 1663 byl vystavěn do rozsahu, že v něm bylo možno provádět všechny potřebné církevní obřady jako byly mše, křtiny, pohřby, svatby. Proto byl v tomto stavu 2. září 1663 požehnán. Věž byla postavena samostatně vedle kostela v létech 1667 až 1670. Potom byl hřbitov (tehdy u kostela) obehnán zdí a postaveny 4 kaple s márnicí. V té době byla založena i církevní pamětní kniha. Za tureckých válek 1683 musely být zlaté a stříbrné předměty z kostelů zaslány do Vídně na krytí válečných výdajů. Z Mimoně však tyto věci nebyly odvezeny, protože je vrchnost vyplatila penězi. O tři roky později byl kostel vydlážděn kamennými kostkami z lomu z Medného.
Ve válce s Pruskem r. 1778 odvedli Prusové faráře a kaplana jako rukojmí do Drážďan a pustili je za výkupné 2.000 tolarů.
V roce 1787 byla věž opatřena hodinami.
Dne 11. června 1806 vypukl na jižním okraji města požár, který zničil téměř celé město a také kostel, faru a 5 kaplí. Po dlouhém období sucha za silného větru snadno se vznítil přeschlý šindel na střechách církevních staveb. Farář, jeho 2 kaplani a přispěchavší občané z Hradčan zachránili většinu zařízení z kostela. Hašení budov bylo za daného stavu bezvýsledné. Z kostela zůstaly holé zdi, na věži se horkem rozlily zvony a zřítily se, hodiny byly zničeny.
Při přestavbě byl kostel zvětšen a spojen s věží. Střecha, před požárem lomená, byla nyní předělána na hladkou a pokryta taškami. Tím se zdi kostela zvýšily asi o 150 cm. Také věž byla poněkud zvýšena. Nové zvony byly ulity v Praze.
1806 byly zvýšeny daně o polovinu, zlato a stříbro muselo být ocejchováno a zdaněno (l g stříbra zdaněn 8 krejcary, l g zlata 12 krejcary), protože bylo třeba peněz na války s Napoleonem. Mimoň měla štěstí, daň jí byla odpuštěna pro neštěstí, které město postihlo. Později byly koupeny starší varhany z Prahy, ale dělaly špatnou službu a musely být zcela renovovány v roce 1835.
Nové hodiny na věži se objevily až roku 1831. Brzy nato pukl velký zvon a proto jej museli odvézt do Prahy, kde byl roztaven a ulit znovu, k němu pak zároveň přikoupen další menší zvon. Pomocí lan a kladek byly zvony vytaženy na věž a tam zavěšeny. To bylo 11. března 1838 a přihlíželo tomu mnoho lidí ze širokého okolí. Sotva bylo toto všechno zaplaceno, udeřil při bouřce 9. července 1839 blesk do věže a kroupy rozbily 94 okenních tabulí v kostele. Rok nato byla věž opatřena bleskosvodem.
1870 již nestačil hřbitov u kostela, bylo tedy koupeno pole a zřízen nynější hřbitov, který musel být 1883 rozšířen o další přikoupenou parcelu.
Střecha věže byla plechová a byla proto často opravována a nově natírána šedou, zelenou a červenou barvou. I tragická událost je s věží spojena. V poledne 1.srpna 1878 skočila z balkónu pod hodinami v sebevražedném úmyslu mladá žena a zůstala ležet mrtvá.
Dům pro hrobaře na hřbitově je z roku 1894. Malovaná okna v kostele pocházejí z konce 19. a z počátku minulého století. Když byla v Mimoni zřízena železnice, dalo město udělat číselník hodin i na západní stranu věže.